Sammenligning av E. coli analysemetoder

Sammenligning med petrifilm

Sammenligning av SimPlate og 3M petrifil ble gjennomført i Patodyn-prosjektet. SimPlate har tidligere blitt sammenlignet med NMKL 125 og gitt gode resultater. SimPlate har derfor blitt anbefalt som en enzymatisk hurtigmetode for E. coli analyse for slakteriene i forbindelse med HACCP verifiseringen. I forsøkene i Patodyn-prosjektet er E. coli analysene fra saueforsøk og storfeforsøk utført med SimPlate. Mange av slakteriene benytter petrifilm for E. coli analyser, og har etterspurt en sammenligning mellom SimPlate og petrifilm.

Prøvetaking og analyse

I forsøket ble i alt 180 prøver sammenlignet, 60 klutsvabre fra saueslakt og 120 fra griseslakt. Svaberarealet var stort i “håp” om å samle E. coli, 100 cm2 på gris og 300 cm2 på sau. Områdene som ble svabret var skinkesnittet på gris, og rundt bekken og på nakke på sau. Prøvetakingen ble utført på to steder i verdikjeden, før kjøling og etter et døgns kjøling. Dette for å se om det er forskjeller på metodene når bakteriene i sitt optimale miljø og når de er stressede/ødelagte av lav temperatur og uttørking. De parallelle analysene ble utført på laboratoriet på NMBU avdeling Adamstua (Veterinærhøyskolen). Stomacherposene ble tilsatt sterilt peptonvann. Prøvene ble inkubert i 24 timer i 37 °C. 

SimPlate- metoden

Nesten alle (97 %) E. coli produserer et enzym, kalt β-glucuronidase, som (nesten) ingen andre bakterier produserer. Mediet der prøvene sås ut, inneholder i tillegg til buffer og salt, et substrat som blir fluoriserende under UV-lys, når substratet spaltes av β-glucuronidase. Det er 84 brønner på en skål og ved opptelling av positive brønner, kan man ved hjelp av en MPN-tabell, beregne E. coli i prøvene. Mediet er lite selektivt og sammen med lav inkubasjonstemperatur, kan det bidra til at skadde bakterier greier å vokse igjen. SimPlate metoden gir samtidig resultater for koliforme bakterier, der det oppstår fargeforandringer fra blått til rødt ved hjelp av enzymet β-galactosidase.

Resultater

Av de 180 prøvene var 135 positive for begge metoder og 21 var negative for begge metoder. I tillegg var 16 positive for kun petrifilm, og motsatt var 8 positive for kun SimPlate. Dette gir en kappa koeffisient på 0,56 som betyr moderat godt samsvar mellom metodene. Figur 1 viser graf for "Concordance correlation" som viser en 45 graders linje for perfekt samsvar mellom metodene, mens den røde stiplede linja viser samsvar mellom Petrifilm og SimPlate i dette forsøket. Koeffisienten er 0,87 som betyr godt samsvar. Koeffisient på 1 er perfekt samsvar. Ved høye E. coli-verdier, tenderer SimPlate til å gi noe høyere verdier enn Petrifilm.