Denne avgiften er lovregulert og blir innbetalt av bøndene som en avgift per kilo ved slakting og ved førstegangsomsetning av egg. Innbetaling av omsetningsavgift går til tre ulike fond; fondet for storfe, svin og sau/lam, fondet for kylling og kalkun og fondet for egg. Omsetningsrådet forvalter omsetningsavgiftsmidlene. Rådet godkjenner strategi og handlingsplan samt budsjett og regnskap for Animalia. Animalia rapporterer forbruket av omsetningsavgiftsmidler per fond.
I tillegg til omsetningsavgiftsmidlene har Animalia inntekter fra salg av tjenester og produkter samt at Animalia søker støtte til forsknings- og utviklingsprosjekter fra offentlige prosjektfinansieringskilder som Norges forskningsråd, forskningsmidler over Jordbruksavtalen, fondet for forskningsavgift for landbruksprodukter, Innovasjon Norge og EU-midler.
Til utvikling og drift av bransjefelles oppgaver ble det forbrukt 73,3 mill. kr av omsetningsavgiftsmidler i 2023. Andre inntekter fra prosjekter, oppdrag og tjenester beløp seg til 58,9 mill. kr.